进入新世纪以来，中瑞在高等教育领域的合作卓有成效，双方政府教育部门合作良好，高校合作活跃，学生交流不断扩大，科研合作呈上升趋势。

　　2003年10月，原瑞典教育科技大臣托马斯·厄斯特洛斯访华期间与时任中国教育部长周济进行会谈，签署了《中华人民共和国教育部长与瑞典王国教育科技大臣会谈纪要》，促进了学位学历互认工作的开展和高等教育的交流。

　　2006年9月，双方签署《中华人民共和国政府与瑞典王国政府关于高等教育领域合作的框架协议》，为稳步推进两国的教育交流与合作打下了坚实的基础，也为两国的学生到对方国家留学提供了有力保障。

　　2011年5月，教育部副部长郝平访问瑞典，与瑞典学会签署《中华人民共和国教育部与瑞典王国瑞典学会2011至2013年教育与科技合作意向书》，主要内容包括互换奖学金生、鼓励语言教学、鼓励高校直接交流等。

　　中瑞两国教育部门高层往来频繁，有力促进了双边教育领域的合作与发展。中国教育部赵沁平、陈小娅、田淑兰、陈希、郝平、杜占元、刘利民等部领导先后访瑞，瑞方高教署署长、教育科技大臣、瑞典学会主席、瑞典诺贝尔奖评审委员会代表团等来华进行访问。2011年9月，瑞典卡罗林斯卡医学院院长汉利克松女士率团访华，时任国务委员刘延东会见了代表团一行。2013年10月，瑞典高教署署长海库拉先生应邀来华出席“二十一世纪大学联盟会议”，教育部杜占元副部长会见了海库拉一行，并就进一步促进双边教育交流与合作交换了意见。海库拉一行还对北京师范大学、西安建筑科技大学等高校进行了访问，为师生做了“瑞典的高等教育”专题演讲，增进了相互了解。

　　2014年1月，陈育明大使拜访瑞教科部国务秘书彼得· 哈尼斯，就进一步加强中瑞教育科技领域的往来深入交换了意见，并就共同推进双边合作达成共识。

　　瑞典高校与我国许多高校之间都有校际交流与合作。瑞典著名的卡罗林斯卡医学院、乌普萨拉大学、隆德大学、皇家工学院、斯德哥尔摩大学、于默奥大学、林雪平大学等20多所大学与我国北京大学、清华大学、复旦大学、浙江大学、上海交通大学、天津大学、华南理工大学、山东大学、中山大学、北京科技大学、大连理工大学、上海医科大学等30余所重点大学以及中国科学院和中国社会科学院都有合作关系和交流项目。2013年，兰州大学历史系与乌普萨拉大学考古系合作开展对“丝绸之路”的研究，中国商飞公司与瑞典皇家工学院合作建立博士后工作站，并签署了合作备忘录。

　　瑞典皇家工学院和乌普萨拉大学等高校与中国国家留学基金管理委员会签署协议，每年有近百名博士生、博士后及其他学者来瑞学习。截止2013年，我国在瑞各类留学人员达6000多人，其中公派生585人；瑞典在华学习的留学生人数达1600多人。

　　迄今，双方合作建立了四所孔子学院和两个孔子课堂。2005年2月由复旦大学与斯德哥尔摩大学共建的孔子学院成立，这是欧洲第一所、全球第二所孔子学院。2011年3月，西南交通大学与卡尔斯塔德大学共建的孔子学院揭牌，标志着瑞典第二所孔子学院的诞生。2011年8月，瑞典第三所孔子学院在瑞典东南部布莱金厄省省会卡尔斯克鲁纳市揭牌，由云南昆明理工大学与布莱金厄理工学院共同承办。2012年5月，瑞典第四所孔子学院在吕勒欧工业大学建立，中方合作单位是西安建筑科技大学。2011年9月，瑞典第一所孔子课堂在乌普萨拉博兰高中成立，中方合作单位为天津实验中学。第二所孔子课堂于2012年3月由法尔肯贝里高中与石家庄外国语学校合作建立。通过丰富多样的语言教学和文化交流，进一步促进了双边在各领域的合作，增进了两国人民间的相互了解和友谊。